왼쪽부터 서울대 컴퓨터공학부 이도훈 박사후연구원, 김선 교수, 양지원 협동과정 인공지능전공생

 

서울대학교 공과대학(학장 홍유석)은 컴퓨터공학부 김선 교수와 BK21지능형컴퓨팅사업단 및 생명과학공동연구원 소속 이도훈 박사후연구원이 주도한 생물정보학 분야 연구(Lee, D., Yang, J. & Kim, S. Learning the histone codes with large genomic windows and three-dimensional chromatin interactions using transformer)가 세계적으로 우수성을 인정받아 Nature Communications에 게재됐다고 18일 밝혔다.


김선 교수 연구팀은 DNA의 3차원적 접힘에 의한 상호작용을 포함하는 생물학적 요인들을 이용해 유전자의 발현 조절을 모델링하는 트랜스포머(transformer) 기반 인공지능 모델인 크로모포머(Chromoformer)를 제시했다.

연구팀은 이를 통해 유전자 발현 예측의 성능이 기존 모델보다 향상돼 보다 효과적인 모델링이 가능하다는 점을 확인했다. 학습된 인공지능 모델 해석을 통해 간암 세포주의 특이적인 유전자 발현 관련 인핸서(enhancer) 활성화 포착이 가능하고, 전사 공장(transcription factory) 및 폴리콤 그룹 소체(Polycomb group body)와 관련된 조절 인자의 동역학도 포착했다.

인공지능과 생명과학 분야 융합의 산물인 이번 연구는 인공지능 기술이 생명과학 분야의 새로운 가설 발굴을 위한 하나의 도구로 활용될 수 있다는 새로운 연구 패러다임의 실질적인 예를 제시했다. 구축된 모델은 암 등의 세포 상태에 특이적으로 나타나는 염색질 상호작용을 포착하는 방법론으로써 활용이 가능할 것으로 기대된다.

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